Яичниковая недостаточность может быть обусловлена аутоиммунным процессом и явиться частью аутоиммунного полигландулярного синдрома. В целом аутоиммунные заболевания наблюдаются у 20% пациентов. Часто первичная яичниковая недостаточность выявляется при таких типичных аутоиммунных заболеваниях, как тиреоидит Хашимото, базедова и аддисонова болезни, сахарный диабет типа 1. Изредка синдром резистентных яичников (СРЯ) сочетается с миастенией, идиопатической тромбоцитопенической пурпурой, ревматоидным артритом, витилиго, аутоиммунной гемолитической анемией и другими аутоиммунными заболеваниями. В сыворотке крови больных с первичной яичниковой недостаточностью находят аутоантитела к строме яичников.

На иммунологическую причину преждевременной яичниковой недостаточности указывают достоверные корреляции между заболеванием и антигенами лейкоцитов человека (HLA).

У больных наблюдается снижение уровня эстрогенов, появляются приливы, сухость во влагалище.

При изучении анамнеза могут выявить атрофический вагинит. Данный  симптом встречается у 50% больных с недостаточностью яичников. Существует множество причин яичниковой недостаточности, но в большинстве случаев установить их не удается, преждевременная яичниковая недостаточность нередко имеет интермиттирующий характер, и на ее ранней стадии может происходить овуляция. У некоторых больных функция яичников впоследствии останавливается. Частота наступления беременности после постановки диагноза составляет.

Лечение, как и при любой яичниковой недостаточности, - заместительная гормональная терапия половыми стероидами пероральная гормональная комбинированная терапия: ярина, белара, жанин, эстрожель, утрожестан и др. Применение такого метода лечения является профилактикой остеопороза и сердечно-сосудистых заболеваний, которые развиваются на фоне эстрогенного дефицита. При наличии устойчивой симптоматики дефицита андрогенов (снижение либидо, апатия) назначаются андрогензаместительную терапию.