Хотя большинство состояний, которые вызывают мужское бесплодие, не приводят к ухудшению здоровья, у 1-2 % мужчин, которых обследуют в связи с бесплодием, диагностируют заболевания внутренних органов.

Терапевтические заболевания. Такие заболевания, как сахарный диабет и артериальная гипертония, а также препараты для их лечения неблагоприятно влияют на эрекцию и эякуляцию, а следовательно, и на фертильность.

При многих заболеваниях печени и почек отмечаются нарушения метаболизма половых гормонов, что неблагоприятно отражается на регуляции сперматогенеза. Изредка причиной бесплодия служат наследственные заболевания, например синдром неподвижных ресничек и сидром Картагенера (патология ресничек с инверсией органов).

Хирургические вмешательства. Паховое грыжесечение, особенно двустороннее или выполненное в детском возрасте, в 1-2% случаев сопровождается повреждением семявыносящих протоков.

Хирургические вмешательства на мочеточнике, мочевом пузыре, шейке мочевого пузыря или мочеиспускательном канале иногда приводят к нарушению эмиссии и/или эякуляции.

Операции на органах забрюшинного пространства (например, забрюшинная лимфаденэктомия при несеминомных опухолях) и другие обширные вмешательства на тазовых органах вызывают расстройства эмиссии и/или ретроградную эякуляцию. В последнее время эти нарушения стали более актуальными, так как у многих молодых мужчин наступает излечение от рака яичка.

Принимаемые препараты. На сперматогенез и/или функцию сперматозоидов может благоприятно влиять целый ряд препаратов (особенно цитостатиков). После отмены препарата изменения обычно подвергаются обратному развитию.

Профессия и привычки. Трудно количественно оценить влияние ежедневного стресса на фертильность. При тяжелом остром стрессе уменьшается объем эякулята и число сперматозоидов. Большинству больных задают вопросы  о стрессовых факторах, но маловероятно, что больной сменит место работы или изменит образ жизни. Это создав определенные трудности при лечении этих состояний.

В лабораторных исследованиях установлено, что активные компоненты в сигаретах, марихуане, кофе, чае, некоторых лекарственных травах, а также алкоголь обладают гонадотоксичным эффектом. Количественно оценить восприимчивость конкретного больного к этим соединениям трудно.

Наследственность. Фертильность братьев и сестер помогает выяснить наследственные заболевания, такие как муковисцидоз и врожденная гиперплазия коры надпочечников;

Воздействие на плод диэтилстильбестрола вызывает пороки развития яичек, придатков яичек и полового члена. Несмотря на ухудшения показателей спермограммы у мужчин, матери которых во время беременности принимали диэтилстильбэстрол, снижение фертильности в масштабных исследованиях не было доказано.