Течение заболевания можно разделить на 4 фазы, но эти фазы нечеткие, они варьируются по времени наступления и продолжительности.

Фаза 1. Сразу после инфицирования симптоматика может отсутствовать, но у значительной части инфицированных индивидов развивается острое заболевание, похожее на инфекционный мононуклеоз (лихорадка, ночные поты, увеличение лимфатических узлов, диарея и лимфоцитоз крови). Происходит образование антител. У других индивидов эти лихорадочные эпизоды откладываются на некоторое время.

Фаза 2. Бессимптомный период, который длится 7 лет или более. Несмотря на отсутствие симптомов, вирус продолжает размножаться в организме. В этот период наблюдается увеличение различных региональных лимфатических узлов. На этом основании данная фаза заболевания получила название «персистирующая генерализованная лимфаденопатия».

Фаза З. Это та фаза заболевания, когда вирус уже размножился и начинают снижаться возможности организма обеспечить себе эффективную иммунную защиту в случае обычного инфицирования. Могут проявиться симптомы, которые наблюдались в начальной фазе.

Дальнейшее развитие подразумевает переход от просто ВИЧ-инфицирования к хорошо выраженному синдрому приобретенного иммунодефицита. У 5% инфицированных третья фаза заболевания прогрессируют до четвертой в течение 10 лет. Понятие «СПИД-связанный комплекс» используется как характеристика определенной фазы заболевания, но эта характеристика не всегда точна из-за странного поведения инфекции.

Фаза 4. Финальная фаза, характеризующаяся повторяющимися приступами инфекции в результате прогрессирующего иммунодефицита. Повышается корантиген. Содержание лимфоцитов Т4-хелперов прогрессивно снижается. Вирусная ДНК интегрируется в геном инфицированной клетки, продуцируя больше ВИЧ.

Самое распространенное осложнение - это пневмония, вызванная Pneumocystis carinii, но список вторичных инфекций очень большой и включает паразиты, вирусы, бактерии, грибы. Почти все эти возбудители у здоровых индивидов вызывают незначительные локальные повреждения, но у больных СПИДом быстро размножаются и могут оказаться смертельными.

Три состояния особенно характерны для состояния иммунодефицита:

1. Саркома Капоши, обычно безболезненное образование кожи, которое при СПИДе становится агрессивным.
2. Волосатая лейкоплакия языка.
3. У больных СПИДом очень распространены лимфомы, а лимфома мозга является почти диагностическим признаком.